В этой киноленте, как несложно предположить действия развиваются в будущем 2199 г. Прошло всего 5-ть лет после нападения на нашу Землю инопланетных жителей. Пришельцы практически полностью разорили нашу планету. Все люди, которым пока посчастливилось сохранить жизни в ленте «2199: Космическая одиссея» прячутся в подземельях. Чтобы хоть как-то спастись от поверхности, которая заражена радиацией. 

Настал день, когда бывший пилот по имени Сузуми Кодай нашел капсулу, который на землю была послана с планеты под названием Искандер. Из этой капсулы нашему герою становится известно, что существует приспособление, способное спасти планету от столь опасного заражения. Если очень быстро это не сделать, то очень скоро люди, которые еще остались в живых люди погибнут. 

Приспособление, способное спасти Землю, расположено на планете Искандер и космический корабль «Ямато», решил отправиться в этой планете. Летающему кораблю придется преодолеть около 150 тыс. световых лет.